No Seminário Presbiteriano do Sul são ministrados os seguintes cursos.

Bacharelado em Teologia - destinado à formação de pastores.

Especialização em Plantação e Revitalização de Igrejas - pós-graduação lato senso, destinado a pastores, ministrado por professores do Seminário e pastores renomados da IPB.

Especialização em Teologia para Graduados - pós-graduação lato senso, destinado a leigos que tenham curso superior. Curso de alto nível para qualificação teológica da liderança leiga da IPB.

Aperfeiçoamento de pregadores - treinamento e capacitação para pastores que almejam maior profundidade e excelência em suas pregações.

Educação Cristã - curso livre, com a duração de um ano, para preparar leigos para servir com eficiência à igreja em diferentes áreas e ministérios.